Simulation ab initio de molecules d'intérêt biologique

Les expériences de spectroscopie vibrationnelle, infrarouge et Raman, permettent d'obtenir des renseignements structuraux au niveau moléculaire. Les simulations de dynamique moléculaire ab initio permettent de reproduire ces spectres mais leur interprétation reste un défi. Dans le cadre de ce travail, nous présentons une méthode originale d'analyse vibrationnelle à partir de dynamiques moléculaires à température finie, qui généralise les modes normaux à des systèmes anharmoniques. A l'aide de ces modes de vibration effectifs nous pouvons ensuite déterminer les intensités et les largeurs de chacune des bandes d'absorption infrarouges. En application, nous étudions des peptides de tailles croissantes, en insistant sur la nature et les intensités des modes Amides, et concluons par la comparaison de spectres infrarouges de sucres fucoses sulfatés, afin de caractériser les spectres d'absorption de 3 anomères.